Si nos econtramos con problemas en las cuotas de alguna de nuestras cuentas de cPanel/WHM, podemos ejecutar las siguientes acciones para intentar solucionarlo:
Ejecutar el siguiente comando como root.
/sctripts/fixquotas
Intentar encontrar otros archivos en los que el usuario sea propietario.
find -user username > /tmp/username.txt
Ésto listará todos los archivos en lo que el usuario sea propietario y que podrían estar afectando a la cuota que calcula cPanel.